kaiyun网页登录入口 开云在线是一位经验丰富的生物化学家,对RNA有着丰富的知识。她们一起成功地在试管中再造了细菌的基因剪刀,并简化了剪刀的分子组成,使其更容易使用。两个人因为发现年诺贝尔化学奖。其实还有一些生物学家对基因编辑技术做出了很多贡献,例如华人科学家张锋首次证明
之后大家继续思考,既然crRNA可以引导Cas蛋白特异性识别靶序列,那CRISPR技术是否也可以应用于核酸检测中?答案是肯定的。随着对CRISPR/Cas系统研究的不断深入,Cas蛋白的特点及功能活性被逐渐认识并应用,并且发现了更多的Cas蛋白,Cas12a、Cas13a等被定义并命名。表1中列出用于分子诊断的CRISPR/Cas系统及其特点。其中可以看到,Cas12a主要靶向单链或双链DNA,而Cas13a可以直接靶向RNA。
2018年,Chen等研究发现当CRISPR/Cas12a蛋白以序列特异性的方式切割dsDNA时,会诱发强烈的、非特异性ssDNA的反式切割。作者利用Cas12a这一附属切割活性开发了一种准确快速的检测方法。该检测方法将Cas12a与等温扩增相结合,命名为DETECTR (DNA endonuclease-targeted CRISPR trans reporter),并实现患者样品中人瘤病毒(HPV)高灵敏检测。
从样本中提取HPV的DNA,通过重组聚合酶等温扩增对DNA进行扩增,再将Cas12a-crRNA复合物和标记有荧光淬灭的单链DNA探针加入反应体系。当Cas12a-crRNA复合物特异性结合并切割HPV的DNA时,激活Cas12a的非特异反式切割,即对单链DNA探针进行切割,ssDNA荧光基团在被切割后产生荧光信号并完成对样本中HPV DNA的特异性检测。DETECTR可以对样本中HPV16和HPV18进行准确检测,相关原理示意图见图2。对25个样本进行DETECTR检测结果与普通PCR检测进行对比,结果完全符合。
2018年Gootenberg等对SHERLOCK技术进行升级,可以实现在单个反应中检测3 个ssRNA 靶标和1 个dsDNA靶标。研究人员对17 种CRISPR/Cas13a和/Cas13b酶进行了生化鉴定,选择了3 种具有不同切割偏好的Cas13蛋白(LwaCas13a、PsmCas13b 和CcaCas13b)与Cas12a和RPA结合使用,每一种扩增的核酸靶标与对应的Cas-crRNA相结合,可激活对应Cas蛋白的活性而切割其对应的特异性底物,从而产生多种不同的荧光响应,实现对不同靶标的检测。相关原理见图3-b。
但是根据上面的应用可以看出,CRISPR/Cas技术通常需要与等温扩增等技术一起使用才能完成检测,需要RPA对目标靶标扩增后,CRISPR/Cas主要发挥的是特异性检测的作用,是否可以不经RPA等技术扩增而直接利用CRISPR技术进行核酸检测呢?很多学者也在这方面进行了各种探索。
Hajian等在2019年开发一种CRISPR芯片,该芯片材质基底为石墨烯,利用场效应晶体管与CRISPR/Cas系统结合来检测是否有目标序列的存在。石墨烯芯片上预制许多CRISPR/dCas9分子复合物。其中dRNP复合体可以解旋双螺旋DNA,并且扫描整条DNA链,如果发现目标序列,dRNP复合体就可以调控场效应晶体管来输出电信号完成检测。但是整个芯片的检测成本较高。相关示意图见图4.
2019年,Dai等通过探索Cas12a(cpf1)的反式剪切活性,想要开发一种通用的电化学传感器。如图5所示,Cas12a既有crRNA介导的特异性的顺式剪切(cis-cleavage),也有非特异性的反式剪切活性(trans-cleavage)。图5B中结合有亚甲基蓝燃料的非特异的单链DNA分子被固定在金电极上。如果存在目标分子,Cas12a-crRNA就会介导对非特异ssDNA分子的反式剪切,产生较低的电化学信号;而如果没有目标分子存在,Cas12a-crRNA不会激活其反式剪切活性,分子不会被切割,就会产生比较高的电化学信号,以此来判断是否存在目标序列。
3)陆续发现新的更有价值的Cas蛋白,可以更特异以及准确的进行分子检测。
1)设计时在3’端需要合适的PAM序列,PAM序列使crRNA引导Cas蛋白正确识别靶序列的必要条件;
3)目前大部分都是与RPA等扩增技术联合使用,但是扩增也可能会引入误差,同时也有污染的风险。
CRISPR/Cas技术在核酸检测中发挥了重要作用,为核酸检测提供了新的思路。未来的研发方向主要是更加流程化,减少中间的操作步骤,使得检测更加快速和便捷。随着基于CRISPR/Cas技术的核酸检测平台的不断发展,未来在分子诊断方面将发挥更重要的作用。